腸病毒71型的致病力相當高，尤其是神經系統的併發症，自從它被分離發現後，在世界各地都有流行的報告，包括澳洲、日本、香港、馬來西亞、瑞典、保加利亞、匈牙利、法國等地，而保加利亞、匈牙利、馬來西亞等地更有數十名死亡病例的記錄。
根據美國所作的調查，自1977年至1991年間，每年都有腸病毒71型被分離出來，只是個案數的多少每年稍有不同，可見此型腸病毒的分佈是全世界性的，而且一直存在。
國內對於整個疫情的統計發現，發生嚴重併發症的病例有79%小於三歲，數十名死亡病例大多以猝死為表現，77%的死亡病例都是在住院後二十四小時以內死亡，常常使得醫師措手不及。
在臨床病例分析顯示，致死的主因是病毒侵犯腦幹引起腦炎。腦幹部位有著掌管著我們呼吸、循環、自主神經系統等重要生命現象的中樞，此處的變化可以導致肺水腫、肺出血、心臟衰竭等嚴重併發症，學術上稱之為神經性肺水腫。神經性肺水腫在急性期會因為心臟衰竭與呼吸衰竭而發生生命危險，即使渡過急性期，有部份存活者也會因為腦幹的呼吸中樞受到破壞而需要仰賴呼吸器維持生命。
